Así, el León disputaba su cuarta final de ascenso; las anteriores tres las jugó contra los equipos de Irapuato en el 2003, Dorados de Sinaloa en el 2004 y los Indios de Juárez en 2008, manchester united camisetas todas perdidas y desperdiciando así la oportunidad de regresar a Primera División. En el Clausura 2004 los dirige José Luis Saldívar estratega que los había derrotado en el ascenso anterior, como refuerzos llegan Diego Perrone de Atlas, Gilberto Adame de Tecos, Oribe Peralta y Luis Romero, se logra el liderato general con 39 puntos elimina en cuartos de final a Tigrillos Coapa 4-2 global, en semifinales se imponen a Zacatepec FC 7-4 global y en la final enfrenta a Dorados de Sinaloa donde ganó 2-1 en el global y obligó a repetir una nueva serie para la final de ascenso. En el Invierno 2000 el equipo en lugar de reforzarse se desmanteló, al vender a Begines al Cruz Azul, y a Hernán Medford al Necaxa sus mejores jugadores; José Luis Saldívar continúa como estratega llegaron jugadores nuevos José Luis Sixtos, David Mendoza, y los brasileños Joao Batista, Marco Ferreira, Leandro Augusto, Adelino Batista y Ailton Da Silva además del regreso de Sigifredo Mercado. Ese mismo año y en el marco por los festejos de los 30 años de la institución, Quimsa retiró tres camisetas juntas, las de Nicolás Aguirre, Fernando Small y Gabriel Deck.
El primer partido terminó con un empate a dos goles en el Estadio León con goles de Perrone al 83’ y Luis Romero al 91’, por la visita marco Aurelio Molina al 24’ y Oscar Rojas al 44’; y para el segundo partido del 5 de junio de 2004; pierde 2-1 con goles de Christian Valdez 15’ y Roberto Domínguez al 65’; por León Juan Manuel Guerra al 52’. Así logra su ingreso a la Primera División Dorados y suma un nuevo fracaso para León. León se emplea a fondo y busca anotar para igualar las cosas, sin embargo Oscar Pérez, arquero tuzo, se luce ante los tiros de Boselli, Elías Hernández y Montes. León logra importantes victorias en sus dos últimos partidos, de local ante Tigres y de visitante ante Tijuana llegando a sumar 23 puntos, sin embargo tendría que esperar a que Morelia, Atlas y Guadalajara no ganaran para acceder a la fase final, sorpresivamente todas las combinaciones se cumplen y León entra como octavo lugar a la fiesta grande, a pesar del cansancio de muchos de sus jugadores.
La etapa de play-offs está subdividida en cuatro etapas, los octavos de final, los cuartos de final, manchester united tercera equipacion las semifinales y la final. León apuesta todo por la Copa Libertadores, compitiendo contra históricos del continente como el Emelec de Ecuador, el Flamengo de Brasil y el Bolívar de Bolivia, se obtienen buenos resultados en la fase de grupos y el León califica en segundo lugar a los octavos de final, sin embargo, al dejar el torneo mexicano de lado y jugarlo con una mezcla de titulares y suplentes el equipo se aleja poco a poco de los puestos de liguilla, perdiendo varios partidos claves inclusive como local. Sin embargo, la idea contaba con detractores como el Athletic Club, el Sevilla, el Osasuna, la Real Sociedad y los representantes de la Federación Guipuzcoana y de la Federación Navarra, por creer que repercutiría negativamente en el producto nacional y en las canteras y favorecería a la Copa de Europa, competición aún discutida por algunos clubes, pero en la que otras federaciones internacionales y la UEFA sí permitían que sus clubes contratasen jugadores extranjeros para su disputa. 1970-71 llegan jugadores como Jorge Davino, Roberto Salomone y Juan José Valiente que marcó 10 goles, el club fue dirigido por Antonio Carbajal realizan una temporada buena de 38 puntos ubicándose en cuarto lugar, luego se adjudicó el título de copa México y campeón de campeones al derrotar al América 1-0. 1971-72 realiza un torneo regular de 35 puntos con el lugar sexto general y de nueva cuenta gana la copa México y el campeón de campeones al derrotar a Cruz Azul en penales 5-3, durante la primera vuelta Luis Estrada recibió dos impactos de bala que lo dejaron fuera todo el año.
El encuentro de vuelta se desarrolló ante un lleno en el Nou Camp donde los jarochos solo esperaron para llevarse el empate ante una soberbia actuación del portero José Luis Vincent quedando 0 a 0 ante la desesperación de los aficionados que pedían la salida de Zermeño, el juego concluyó para oficializar el descenso por fin. Luego llegó el brasileño José Gomes Nogueira que llevó el equipo al segundo lugar con 42 puntos y quedar a 2 del Cruz Azul, así califica a su primera liguilla donde eliminan a Atlético español con un 0-0 la ida y un empate a 3 en la vuelta con goles leoneses de Salomone (2) y Albrecht; en ese tiempo no existía el criterio de desempate por ubicación general ni gol de visitante, así que debió jugarse un tercer juego en el estadio Cuauhtémoc donde terminan de nuevo empatados 1-1 gol de Albrecht, se tiraron penales y León llegó a la final superando 5-4 a los del Atlético. Un dato curioso es que en el juego contra él Cruz Azul Oaxaca, el León celebraba su 60° aniversario, pero no lo pudo concretar debido a que se usaría un uniforme conmemorativo que la FMF no permitió que se usara ya que la playera tenía botones, y el reglamento de la Federación marca esto como indebido, y para empeorar las cosas los Celestes se llevaron el triunfo del Nou Camp, en el aniversario de los guanajuatenses.