El sistema de ligas de fútbol de España está formado por divisiones cuya máxima categoría es la Primera División. El Athletic Club ya competía por defecto en las primeras ediciones de la máxima competición nacional, el Campeonato de España (hoy conocido como Copa del Rey), siendo inviable que lo hiciera por partida doble (con su equipo madrileño y con su equipo bilbaíno, pues la entidad era sólo una). La imposibilidad de llenar el estadio y el riesgo de traer a España un equipo inglés por la pandemia hicieron que este encuentro no se celebrase en el año del 100º aniversario del equipo y 20.º aniversario de dicha final. Desafortunadamente, el Real Madrid ganó 4-1 a los locales en un mal partido dando al día centenario un final amargo. En la Temporada 2017-18, tras un mal arranque con 2 partidos ganados y 11 perdidos en 13 jornadas, el 1 de diciembre de 2017 llega Abelardo Fernández.
La Temporada 2018-19 la inició de manera sensacional, siempre con Abelardo Fernández como entrenador. Dicho fracaso terminó con el ciclo de Helmut Schön como entrenador. Se ha eliminado el mástil de dicho banderín y todo está metido dentro de un círculo azul que en blanco lleva escrito «DEPORTIVO ALAVÉS» y a los lados «1921». Esto hizo que el Alavés pudiera disputar la temporada 2020-2021, la de su centenario, el la máxima categoría del fútbol español. Todo esto metido en un círculo y con una corona en la parte superior. El resto de la temporada rindió a buen nivel, consiguiendo una gran remontada y finalizando en el 14.º lugar y salvándose holgadamente del descenso. El partido terminó empatado, y en lugar de jugar penales, se procedió a determinar al clasificado por medio de un sorteo, en el cual Turquía resultó ganadora. Supuestamente, el partido tuvo lugar en el llamado New Ground de La Blanqueada y terminó con triunfo del conjunto de Buenos Aires por 3:0 al conjunto de Montevideo. En honor a sus cien años de historia, el Alavés sacó más como una baraja de naipes Fournier conmemorativa con los rostros de sus jugadores más ilustres, un cupón de la ONCE con la fecha fundacional, un sello de Correos, un libro, un pack de mus o una camiseta conmemorativa con la que jugaron contra el Valladolid el 5 de febrero de 2021. Al final de la temporada se publicó un documental llamado 2000 Pasos que narra el siglo de historia del equipo con entrevistas a algunas de sus grandes leyendas.
Al final de la temporada 2020-2021, se confirmó que el capitán Manu García ponía fin a su etapa como jugador en el conjunto vitoriano después de nueve años y de haber jugado en tres categorías diferentes. El míster fue relevado por Abelardo, que volvía a Vitoria dos años después tras salvar al equipo en su primera etapa. Además también se aprobó la creación de un Comité Asesor que ayude al nuevo consejo y que estará formado por cinco miembros: Auxiliadora Borja, José Manuel Palau, Juan Cruz Sol, Miguel Ángel Gil de Pareja y Salvador Martínez. La directiva cesó a Asier Garitano y trajo a Juan Ramón López Muñiz para afrontar la recta final de la temporada con el menor sufrimiento posible y salvar la categoría. Estadio de Balaídos y, una semana más tarde, camiseta de futbol con un 1-0 en Mendizorroza en la recta final del partido tras un gol de Édgar Méndez. El Estadio de Mendizorroza fue inaugurado el 27 de abril de 1924. Está situado en el Paseo Cervantes, al lado de las piscinas municipales y de la Fundación Estadio. En algunos partidos en los que el Deportivo Alavés juega en Mendizorroza se canta el himno en todo el estadio a partir del minuto 21 en honor al año de fundación del club.
En la final, el Alavés perdió por 3-1 en un encuentro en el que empezó marcando Lionel Messi para el equipo culé. En 2019 los aficionados del CD Alavés protestaron contra los horarios asignados por LaLiga en el encuentro contra el Rayo Vallecano con una fuerte protesta contra Javier Tebas. El parón y la falta del calor de los aficionados en Mendizorroza hizo que el Alavés afrontara la vuelta de LaLiga con muy malos resultados y cayendo en picado en la tabla. También trae -sin licencia- las supercopas nacionales de todas las ligas (excepto Brasil, que no posee una supercopa), sólo disponibles en los modos de Liga Máster y Ser una Leyenda. Su primera participación efectiva fue en el Campeonato Nacional 1973, como club indirectamente afiliado a la AFA, a través de la plaza fija de la Liga Tucumana. La URSS acabó como líder del grupo B por encima de los Países Bajos y alcanzó las semifinales. El saque de honor de dicho partido lo hizo el exfutbolista albiazul y del Real Madrid Javier Berasaluce, que tenía 90 años en aquel momento.
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