En relación con el básquet, si bien su popularidad en el club distaba mucho de la del fútbol profesional, el mismo era considerado el segundo deporte en importancia, camisetas de futbol 2024 aun siendo amateur. Chile clasificó segundo de su grupo a la segunda fase. Por tal motivo, Chile debía ganar el partido de vuelta, mientras que a Brasil solamente le bastaba empatar para clasificar. Los horarios corresponden al huso horario de Chile en invierno (UTC-4). Txetxu Rojo terminó destituido nada más acabar la temporada. Txetxu Rojo sería el encargado de dirigir al equipo en la nueva temporada 2000/01, con una plantilla de transición que mezclaba la juventud de las jóvenes promesas como Asier del Horno, Fran Yeste, Pablo Orbaiz o Dani Aranzubia con la veteranía de los Josu Urrutia, Bittor Alkiza, Aitor Larrazabal o Rafael Alkorta. El Athletic había desembolsado una gran suma de dinero por reforzar la plantilla de cara a la nueva temporada 1997/98. Se gastó 2.000 millones de las antiguas pesetas (12 millones de €) en el fichaje del defensa Roberto Ríos, siendo el fichaje español más elevado de la época.
Además de las incorporaciones a la plantilla del portero Imanol Etxeberria, el delantero Ismael Urzaiz o la joven estrella guipuzcoana Joseba Etxeberria, que llegaba con solo 17 años al Athletic proveniente de la Real Sociedad. Copa de la UEFA después de seis años sin conseguirlo. Ya iniciada la temporada, al Athletic le tocó medirse en treintaidosavos de la UEFA contra la Unione Calcio Sampdoria, equipo italiano que venía plagado de fichajes estrella y se perfilaba como uno de los más fuertes de Europa. Al concluir la temporada, Luis Fernández es finalmente destituido; su ciclo en el Athletic estaba más que terminado. Finalizada la temporada, varios jugadores veteranos abandonaron el equipo: Joseba Etxeberria y Armando Ribeiro dieron por concluida su carrera futbolística, mientras que Fran Yeste e Iñaki Muñoz culminaron sus contratos y el club decidió no renovarles. El azar quiso que este último partido de Liga se jugase en San Mamés, Joseba Etxeberria inauguró el marcador en el minuto 40′ de la primera parte y el equipo rojiblanco aguantó el resultado hasta el final del partido. En liga tampoco marcharon del todo bien las cosas, a pesar de haber estado luchando por la Liga Europa de la UEFA hasta el último momento.
A raíz de la eliminación en la Copa de la UEFA en febrero de 2005, las cosas empezaron a no marchar bien, ni en lo institucional ni en lo deportivo. Por un lado, logró una goleada histórica en la Copa de la UEFA 2004-05 al ganar por 1-7 al Standard Lieja, aunque después cayó eliminado en dieciseisavos ante el Austria de Viena. Estos jugadores sumado a otros que ya estaban como Josu Urrutia, Aitor Larrazabal, Bittor Alkiza, Rafael Alkorta, José Ángel Ziganda o el propio Julen Guerrero, hicieron posible el regreso a la Liga Europa de la UEFA. Gracias a esa final, el Athletic se clasificó para disputar la nueva Europa League (versión renovada de la Copa de la UEFA) y para jugar la Supercopa de España contra el propio F. C. Barcelona, que de nuevo resultó vencedor. Con un equipo hecho, pero a la vez sin florecer, el Athletic llegó hasta dieciseisavos de final de la Europa League, mientras que en Liga concluyó en octava posición.
El 3 de mayo, luego del empate 1-1 frente a Atlético Nacional, Bolillo renunció de nuevo, pero esa vez los directivos de Santa Fe aceptaron su dimisión. Después de los dos últimos años, para la nueva campaña de 1996/97 el Athletic quiere dar un cambio radical a la marcha del equipo y para ello se hace con los servicios del entrenador Luis Fernández. En la temporada 1921-22, la directiva encargó al exjugador bilbaíno y entonces vicepresidente de la entidad madrileña Manuel Ansoleaga que ejerciera de entrenador del equipo, convirtiéndose así en el primer técnico de la historia del club. Ana Urquijo tomó el sillón presidencial y puso a José Manuel Esnal «Mané» de entrenador. Estadios licenciados: Estadio José Zorrilla (Valladolid), Estadio Municipal de Riazor (Deportivo La Coruña) y Estadio Municipal de Balaídos (Celta de Vigo). Volverían a perder ante Dinamarca en el estadio Parken de Copenhague tras un gol tardío de Jakob Poulsen. La capacidad del estadio se redujo a 38 009 asientos debido a que 4 000 asientos se convirtieron en zonas vip, sin embargo a pesar de la disminución el estadio es aún la sede más grande de Dinamarca.