En 1996 la Organización Ardila Lülle compró al club y se convirtió en el primer club de Colombia en tener un respaldo del mercado privado en el fútbol. El 25 de julio de 1990 en Medellín, Nacional jugó contra el Club Universidad Nacional de México por la Copa Interamericana, allí ganó el verde 2-0. Siete días después en el partido de vuelta en la Ciudad Universitaria de México, Nacional volvió a triunfar, esta vez 4-1. En el resultado global, Nacional le ganó 6-1 a los Pumas de la UNAM. Copa Libertadores. En el Finalización quedó cuarto, siendo quinto en la reclasificación, lo que le dio para avanzar a los cuadrangulares semifinales, y luego en esta fase quedó primero en el grupo. En 1997, disputó la Copa Interamericana que debió haberse jugado en 1996, ante la renuncia del campeón de la Libertadores de 1995, el Gremio de Porto Alegre. Atlético Nacional, por ser el subcampeón de aquella Copa Libertadores, se enfrentó al Saprissa de Costa Rica, campeón de la Copa de Campeones de la CONCACAF 1995, en partido único, jugado en la casa de los ticos. Ganó 4 partidos y empató 2. Cabe destacar que Nacional se coronó de nuevo campeón frente al América de Cali como en 1981, luego de haberlo vencido 2-1. Ese año, en la Copa Libertadores avanzó nuevamente a las semifinales, donde de nuevo fue eliminado por Olimpia de Paraguay.
El partido de vuelta, en Buenos Aires, River Plate venció a Nacional 1-0, pero los verdes pasaron a la final mediante los penales. Disputó la final de Copa Libertadores frente al Gremio de Porto Alegre, en donde cayó 3-1 en el partido de ida jugado en Brasil. Ya en el torneo de segundo semestre, el club llegó a los cuadrangulares semifinales, pero se quedó en el camino hacia el título, después de perder dos partidos claves frente al Deportes Tolima, 1-0 en Ibagué y 1-2 en Medellín. El último enfrentamiento con su rival de patio le dio el título, con gol de Juan Pablo Ángel. Allí Juan Carlos Ramírez falló para Nacional, lo cual permitió a Martín Arzuaga marcar el penal decisivo que le dio la corona a Junior en el Estadio Atanasio Girardot, haciendo que la remontada fuera en vano. Ese año obtiene el subcampeonato en el torneo nacional, detrás del América de Cali. En 1995 logró el subcampeonato de la Copa Libertadores, luego de haber clasificado segundo de su grupo, atrás de Millonarios. En este año Nacional se coronó nuevamente como campeón de la Copa Merconorte, esta vez contra uno de sus rivales, Millonarios de Bogotá.
Esta fue la tercera vez que Atlético Nacional logró coronarse campeón frente al América de Cali. Además ese mismo año se produjo el debut de Víctor Hugo Aristizabal, el 13 de agosto, frente al Pereira. Además, como campeón de la Libertadores, tuvo el derecho de disputar la Recopa Sudamericana frente a Boca Juniors, campeón de la Supercopa de 1989; el marcador fue 1-0 a favor del equipo argentino. Fue victoria para el verdolaga por 2-3, y se consagró campeón del certamen. Nacional. Llegó a la final del Torneo Apertura contra su rival de patio, Independiente Medellín, en la primera final paisa de la historia del fútbol colombiano. Al mismo tiempo, en el torneo local los resultados no se dieron ya que quedó séptimo de la tabla general, y se quedó por fuera del cuadrangular final. En el torneo local llegó a los cuadrangulares, pero quedó tercero en su grupo, cumpliendo una pobre presentación. En el Torneo Apertura quedó segundo con 36 puntos, camiseta futbol 2024 en el Torneo Finalización quedó sexto luego del cambio de entrenador de Reinaldo Merlo a Luis Fernando Suárez. Luego de una semifinal en compañía del Junior, América de Cali y Deportivo Cali, Nacional se perfilaba, junto a los «Diablos Rojos», como favorito al título.