El 20 de mayo del 2013, el club de Jaguares de Chiapas fue vendido al Grupo Oceanografía, equipacion arsenal 2025 cuyo dueño era Amado Omar Yáñez Osuna. La campaña de debut del Querétaro fue bastante irregular al terminar en el antepenúltimo lugar con 30 puntos solo por arriba del Club Santos Laguna y del descendido Club Deportivo Irapuato. En la temporada 1993-1994, el Querétaro arrancó bajo el mando de Rubén Matturano, pero al conseguir solo un punto en las primeras cuatro jornadas, la directiva determinó cesarlo y ofrecerle la dirección técnica a Carlos de los Cobos, quien decidió retirarse como jugador del equipo para iniciar como entrenador, pese a la complicada situación en la tabla porcentual. Tras una buena campaña en la temporada 2016-2017, el equipo consigue llegar hasta la final de la promoción de ascenso, que terminó en derrota por la mínima contra el Albacete Balompié en casa y empate a 0 fuera de casa. Querétaro a la Primera División tras ganar el campeonato Clausura 2006, en el cual logra coronarse por segunda año consecutivo y por primera vez en casa al derrotar 4-2 en penales a Club Indios, tras empatar 3-3 en el marcador global. El 22 de junio de 1980, los Campesinos enfrentaron en el partido de vuelta a los Osos Grises, que habían sacado un empate el partido de ida en el municipal, los Campesinos lograron imponerse por 2 a 1 con goles de Carlos Cerritos y Jorge Gaspar y lograron el campeonato.
El partido de ida terminó 0-0. Justo antes del partido de vuelta, el 10 de mayo de 1987, el equipo sufrió un fatal accidente automovilístico en donde perdieron la vida Agustín Jiménez, camiseta arsenal 24-25 René Montalvo y Genaro «Pillo» Orona. En el Clausura 2013, el equipo de «Gallos» estaba en la disputa por el no descenso al principio de la temporada contra el equipo del Atlas de Guadalajara; pero debido al gran paso de los «Rojinegros» en el torneo, el cuadro queretano luchó jornada a jornada para salvarse. En la temporada 1983-1984, el equipo ascendió de Segunda División «B» a Segunda División «A». Ya en el máximo circuito, el equipo pronto comenzó a perder y al poco tiempo el cuadro fue vendido al Sindicato de Petroleros de Ciudad Madero. El descenso fue un duro golpe para la franquicia, pues se alejó dos categorías del Máximo Circuito, ya que no pudo incorporarse a la recién creada Primera A, circuito que se integró por invitación a los equipos. En el torneo Apertura 2008 salió campeón venciendo al Club Irapuato por un global de 2-0, con esto ganó el derecho a jugar la final de ascenso hacia la Primera División Nacional en contra del Mérida, campeón del torneo Clausura 2009. El 30 de mayo de 2009 se convierte en campeón de ascenso, tras derrotar en penales 7-6, a los Venados, lo que le dio el pase de nueva cuenta a la Primera División del fútbol mexicano.
Durante el Apertura 2015 el equipo tuvo múltiples altibajos en Liga a lo largo de la campaña y a pesar de que Emanuel Villa se coronó Campeón de Goleo con 13 dianas no pudieron clasificar a Liguilla quedando en undécimo puesto, pero en la Concacaf Liga Campeones logró superar la fase de grupos avanzando así a la siguiente ronda donde enfrentarían a DC United en los cuartos de final. Cuando parecía que el equipo desaparecería, el empresario Juan Antonio Hernández trasladó a los Leones de Morelos (anteriormente Zacatepec) para jugar como Querétaro en la Primera A. El equipo fue un protagonista al punto de conquistar el primer título en la historia de la franquicia luego coronarse en el Clausura 2005 ante el Club León, aunque no pudo lograr el regreso al máximo circuito al perder la final por el ascenso ante el San Luis. Más de $73.220 se recaudaron y el cotejo que fue denominado de alto riesgo fue arbitrado por el juez internacional Juan Brozzi. El entrenador de Atletas Campesinos era Antonio Ascencio, pero Armando Presa consideró traer a alguien de mayor experiencia, fue cuando pensó en Antonio Carbajal al que le ofreció una buena cantidad de dinero si subía al Campesinos.
Se le cambió el nombre a Atletas Campesinos. En el año de 1999 se dio la unión de Gallos de la UAQ con el Querétaro FC en Santiago de Querétaro, tomando el apodo de «Gallos Blancos» y el nombre original del Querétaro FC. El «Jefe» Boy hizo un buen trabajo al superar en la pelea por el no descenso a las Cobras de Ciudad Juárez; sin embargo, Tomás no pudo repetir los buenos resultados a la campaña siguiente, pese a que en el equipo se quedó el goleador Felipe del Ángel Malibrán, y llegaron refuerzos como el uruguayo Santiago Ostolaza, así como los delanteros Marco Antonio Ruiz y Eduardo de la Torre, ex del Guadalajara. Posteriormente, el año siguiente, ganarían también la Supercopa MX 2017 al derrotar 2-0 al América (este club ocupó el lugar del Guadalajara, que fueron los campeones de la Copa MX Clausura 2017, sin embargo, también fueron campeones de liga, y tenían que disputar el Campeón de Campeones 2017 el mismo día, entonces, las Águilas, al ser el club que más puntos acumuló en la temporada 2016-17 de la Copa, ocupó el lugar).
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