En la campaña 2003-04 desciende camiseta osasuna a Tercera División. ↑ En la temporada 2003-04 no descendió al crearse un grupo propio de Tercera División para la Federación Riojana de Fútbol y abandonar el grupo compartido con la Federación Navarra de Fútbol. Encuadrados en el mismo grupo de Segunda División 2016-17, disputaron una fuerte lucha por el liderato de la categoría, donde el Madrid C.F. Se disputó una liguilla ante el Levante Unión Deportiva, Córdoba Club de Fútbol y Racing Club de Ferrol. Ante la falta de interés en el club del máximo accionista, recurre a la cesión de la gestión. Estadísticas en Copa del Rey. Para la temporada 2015-16 de la gestión del club se encarga un grupo de aficionados avilesinos, que forman una directiva para llevar las riendas de la entidad blanquiazul. En la temporada 2007/08 militó en el grupo cántabro de la Tercera División donde se proclamó campeón, con un récord histórico nacional al alcanzar los 100 puntos, habiendo marcado 113 goles.
Lo que acabó con el equipo en Tercera División con plantillas la mayoría de temporadas muy modestas, lo que conllevó el abandono paulatino de la afición ante la gestión del máximo accionista de la SAD. En julio de 2011 el máximo accionista del club alcanza un acuerdo con el Grupo GOLPLUS, el cual gestionara el primer equipo durante cinco temporadas. En la temporada 79/80 el Mallorca es campeón de su grupo de tercera división y asciende de nuevo a Segunda División B, sin que ello signifique una mejora significativa en su delicada situación. Se consiguió ascender de forma concadenada desde tercera a Primera División. En la segunda eliminatoria por el ascenso no consiguió superar a la Unió Esportiva Llagostera, a pesar de vencer en la ida en el Román Suárez Puerta por 2-0, resultado que fue remontado en su campo por el equipo catalán por 3-0. Y no consiguiendo el equipo realavilesino pasar a la tercera y definitiva eliminatoria por el ascenso. Salvando la primera ante el Club Deportivo Santurce, para caer en la segunda temporada, tras no superar la eliminatoria ante la Sociedad Deportiva Cultural Michelín y descender por primera vez en su historia al cuarto nivel del fútbol español, lo que suponía para los realavilesinos competir en la 1.ª Categoría Preferente.
Serra Ferrer fue cesado y el francés Lucien Müller volvió al equipo pero no pudo evitar el descenso, que se consumó en la promoción frente al Oviedo. En 1991, de la mano del técnico Lorenzo Serra Ferrer, tras eliminar correlativamente a la Gimnástica de Torrelavega, C.E. En la temporada 1988-89 el yugoslavo Iván Brzic se hace cargo del equipo pero le sustituyó Llorenç Serra Ferrer. La primera de ellas llevada a cargo por el exfutbolista blanquiazul Emilio Gutiérrez que junto al periodista José Antonio Álvarez cogen la gestión del club, desde 2004 hasta 2006, en que José María Tejero recupera la total gestión de la entidad. Además la afición acusó al club de no tomar decisiones para evitar el descenso, con un Sergio González Soriano que no supo sacar rendimiento a la plantilla a pesar de los múltiples problemas por lesiones y bajas por Covid-19, pero que aguantó en el cargo toda la temporada devolviendo al equipo dónde le recogió.
Los miembros de la plantilla que pasaría a la historia como los artífices del primer ascenso a la máxima categoría del fútbol español son: Zamora, Vendrell, Febrer, Arqué, Diego, Cobo, Magín, Juanele, Guillamón, Bolao, Boixet, Ladaria, Forteza, Garcés, Currucale, Gassó, Martínez, Lorenzo, Villamide, Sureda, Oviedo, Rodríguez II, Czoka, Mir y Laguardia. Previamente, los derechos de toda la plantilla habían sido subastados. En 1931 se cambia la denominación por la de Club Deportivo Mallorca debido a la instauración de la Segunda República Española que ocasionó la supresión de toda alusión a la realeza, incluyendo pues la denominación del club. Aunque en las últimas décadas haya bajado el nivel competitivo que tuvo anteriormente, prueba de ello es que solo dos equipos, los equipos cadete e infantil «A», compiten en su primer nivel competitivo. El 19 de junio de 2008, el máximo accionista y presidente de la entidad, Joaquín Morales, anunció en rueda de prensa la venta de su paquete de acciones a Francisco Garrido, empresario natural de Espera aunque afincado en Jerez. Posteriormente tras la absorción del C. D. Ensidesa se incorporaron detalles granates al primer uniforme, aunque esto último se hizo hasta la eliminación del término «Industrial» del nombre del club, tras el voto mayoritario de la Junta General de Accionistas.
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