Pero en el mercado de invierno vino la marcha de Gabriel Paulista de forma gratuita, ya que el club por no tener que verse forzado a renovarle por una cláusula de contrato por partidos jugados, se deshizo de un defensa central titular de forma gratuita, y tras finalizar el mercado de invierno y no haber incorporado ningún refuerzo, únicamente a un canterano del Real Madrid, Peter González, camiseta liverpool 2005 el equipo se veía a palabras del entrenador «Más debilitado». Saltó al campo tras el descanso, con 2-0 en contra, y realizó una gran trabajo que facilitó la remontada del club londinense. El 22 de abril abrió el marcador en un encuentro ante el Stoke City (2-0), volviendo así a la senda de la victoria después de un mes y medio. La imagen del estadio medio vacío unido al descrédito propiciado por parte de una prensa deportiva española sensacionalista hizo que se estigmatizara al club con una fama de equipo sin afición. La base de la copa es macizo de bronce, y al final de toda su elaboración recibió un baño de níquel, un baño de oro 24 quilates y la parte de los logos de Coca-Cola, un baño de plata.
En 2007, la Copa América se realizó en los meses de junio y julio en Venezuela. El 11 de julio de 2010, sin la participación de Llorente España disputó la Final de la Copa Mundial de Fútbol de 2010 en el Estadio Soccer City de Johannesburgo: Países Bajos 0;1 España, proclamándose Campeones del Mundo. Para el mes de junio, un nuevo director técnico tomó las riendas de la Selecta: el uruguayo Rubén Israel, que llevó al equipo a la fase de cuartos de final de la Copa de Oro donde quedó fuera contra Panamá en los tiros desde el punto penal. Fueron eliminados en cuartos de final, pero Llorente tuvo una gran actuación al marcar 5 goles, lo que le valió para recibir la Bota de Plata del campeonato, a un gol de Lionel Messi. Ya en cuartos de final se enfrenta con Rodelindo Román terminando con una victoria global de 2-3 llegando a semifinales. Esta victoria permitió sacar a su equipo de los puestos de descenso, en los que llevaba más de tres meses. Tres días después, el 12 de octubre de 2010, en el Hampden Park de Glasgow se disputó el otro partido de clasificación para la Eurocopa 2012 contra Escocia.
Días después, el club uruguayo finalizó subcampeón del Trofeo Teresa Herrera, incluyendo una victoria clásica ante Peñarol en aquel país, y un buen rendimiento de Suárez. El 21 de enero, con un brillante doblete en apenas cuatro minutos, abrió el camino de la victoria de su equipo en Anfield (2-3) ante el Liverpool. Su oponente en la final fue Argentina, que eran los favoritos al título, habiendo ganado todos sus partidos en el camino a la final. US$15.00 de envíoSolo queda(n) 5 en stock (hay más unidades en camino). A pesar de ello, el equipo galés llegó en descenso a las tres últimas jornadas. Tras obtener la clasificación del torneo, fue incluido en la plantilla que participó en la Eurocopa y disputó tres encuentros, siendo eliminados en la primera fase al empatar dos encuentros y perder otro. Poco después se hacía público que el gesto de no llevar la estrella ese día en la camiseta era difundir el proyecto solidario «Dona tu estrella» de la ONG «Save the Children». La anécdota del partido contra Lituania tuvo lugar cuando, el delantero salió al campo a jugar con una camiseta en la que no lucía la estrella que acredita a la selección como campeona del mundo.
Se convirtió en un habitual en las selecciones sub-20 y sub-21, con la que también disputó los partidos clasificatorios para la Eurocopa Sub-21 de 2006 junto a Puerta, Albiol, Moyá, Arbeloa o Iniesta, entre otros. Ex jugadores como Preston Wilson, quien fue perfilado sobre este tema por Sports Illustrated en el verano de 2020, han dejado en claro que la disminución en el porcentaje de jugadores negros en la MLB está relacionada con las actitudes de la MLB en torno a la raza. Durante el torneo jugó dos de cinco partidos que disputó la selección, ambos contra Sudáfrica en el Estadio Free State de Bloemfontein. El 29 de marzo de 2011 en el Estadio S. Darius y S. Girėnas Llorente fue titular frente a Lituania. El 14 de septiembre debutó en San Paolo, frente a la Sampdoria (2-0), dando una asistencia de gol a los dos minutos de entrar al campo en sustitución de Hirving Lozano. Según las actas oficiales en sus estadísticas con el Athletic Club, se le contabilizan dos goles en el Campeonato de Liga de España que algunas fuentes señalan como autogoles, y caso contrario en un gol en la Copa de España, autogol según acta oficial y que algunas fuentes señalan como propio del jugador.