En el mercado de invierno se traspasó definitivamente a Romario, camiseta de fútbol Marcelinho Carioca y Saïb al no encajar con el fútbol de Ranieri. Su máximo rival es el Portuguesa Fútbol Club, equipo con el que disputa el «derbi Portugueseño». La llegada de Cruyff tuvo el efecto contrario al deseado y el equipo comenzó a encadenar una serie de malos resultados que hicieron que el equipo quedase finalmente en la novena posición. En la temporada 1995/96, el equipo logró, tras una excelente campaña, el primer puesto y el ascenso a la Segunda División. En la temporada 1943/44, el Levante finalizó como campeón, pero no logró el ascenso, el cual se hizo esperar hasta dos años después, en la temporada 1945/46. El Levante finalizó la campaña como campeón de su grupo y quedó segundo en la liguilla de ascenso, por detrás del CD Málaga Ya en Segunda División, el Levante realizó una buena temporada como recién ascendido, finalizando en el sexto puesto. En la Copa Mundial de Fútbol de 2006, fueron además instituidos el «botín de plata» y el «botín de bronce», para los jugadores en el segundo y tercer lugar de la clasificación de goleadores. En la clasificación acabó último con 26 puntos, a 17 de la salvación, y, tras perder 2-0 contra el Recreativo de Huelva el 27 de abril de 2008, consumó su descenso matemático a Segunda División.
Entre 2002 y 2004 el club contó con un tercer filial, el Valencia Club de Fútbol C, que desapareció al bajar el Mestalla a Tercera División en 2004, arrastrando al «C» a Preferente. Durante los dos siguientes años, el Levante no reparó en gastos e invirtió ampliamente con tal de recuperar la categoría, objetivo cumplido al finalizar la temporada 1978/79. El club había retornado a la división de plata y mantuvo la categoría durante varios años, pero a costa de una gran deuda económica. Una tanda que se prolongaría hasta los 18 lanzamientos. Aquel año comenzó la sequía de títulos del F. C. Barcelona, que duraría 5 años, hasta la temporada 1993-94, cuando el Barça ganó la Copa del Rey ante el Liceo de la Coruña. El Levante debutó en Primera División el día 15 de septiembre de 1963 en Barcelona ante el RCD Español, empatando a cuatro goles. A pesar de los contratiempos, el Levante logró remontar y alcanzar un increíble cuarto puesto, lo que hizo a los aficionados comenzar a soñar con el ascenso a Primera División.
En la temporada 1996/97, Pedro Villarroel alcanza la presidencia del club y, a pesar del lema de «Nuestra bandera es un Levante de Primera», el equipo regresó a la Segunda División B, para volver a la Segunda División A al año siguiente de la mano de Pep Balaguer. Sin embargo, al año siguiente el equipo volvió a perder la categoría, descendiendo a la Segunda División B y entrando en una delicada situación económica. En el 76.º aniversario del club, este desciende una vez más a Tercera División, mientras se lleva a cabo un saneamiento de la economía del club. Para finalizar con las deudas del club, la directiva decidió vender el ya antiguo estadio de Vallejo y comprar unos terrenos en el barrio de Orriols, donde se construyó un nuevo estadio, el actual Ciudad de Valencia, con el nombre de Antonio Román, presidente del club, que sería inaugurado el 1969. Mientras se construía el estadio, el Levante jugó sus partidos en el campo de Mestalla, propiedad del vecino Valencia CF. En el último choque, que disputó el conjunto español suplente, venció por 1-0 a Arabia Saudí. El 16 de abril de 2008, Gianni De Biasi dimitió al ver imposible la salvación del conjunto granota.
Esa misma temporada se celebró el 90.º aniversario del club con diversos actos sociales, incluyendo el rediseño de la mascota del club, una rana (granota). En los últimos años, se ha convertido en una de las selecciones más importantes de Sudamérica, en mayores y juveniles, gracias al nivel mostrado en los torneos donde participan; gran parte de ello se debe a la conformación, en 2017, de la Liga Profesional Femenina de Fútbol, donde las nuevas y experimentadas jugadoras se destacan. Posteriormente se desarrolló en el marco de las nuevas instalaciones en el seno de la Ciudad Deportiva del Real Madrid, aunque lamentablemente fue suprimida junto al resto de secciones. Esa misma temporada, el equipo descendió a la categoría regional, aunque al año siguiente se logra volver a Tercera División. Tras un año de transición en Tercera, el Levante regresa a Segunda División en la temporada 1953/54, siendo los jugadores paseados a hombros por las calles del barrio del Cabañal y de la Malvarrosa.