Fue bajo la primera presidencia de Florentino Pérez (2000-06) en la que el club estableció unos nuevos parámetros de dirección con los objetivos de convertirse en el club de fútbol profesional más valioso del mundo tanto deportiva como económicamente. Para esta temporada la Real Federación Española de Fútbol RFEF llevó a cabo una reestructuración de categorías a nivel estatal a raíz de la crisis de la COVID-19 que redistribuyó los clubes en función de la clasificación obtenida aquella temporada. El Villanueva Club de Fútbol, se fundó en el año 1929, y compitió en las categorías regionales aragonesas hasta su ascenso por primera vez a la Tercera División de España en 1997, categoría en la cual sólo ha estado ausente tres temporadas desde su debut en la misma. Se formó en las categorías inferiores del Antiguoko KE de San Sebastián hasta que llegó al Athletic Club juvenil, en 1999, gracias al convenio entre el Athletic Club y el club donostiarra.
El 16 de septiembre de 2013 marcó el gol de la victoria ante el Celta, en el primer partido disputado en el nuevo San Mamés. En su último partido con el Athletic Club en San Mamés, correspondiente a la última jornada de la Liga 2014/15 ante el Villarreal (4-0), consiguió marcar el segundo gol del partido después de rechazar lanzar un penalti minutos antes. El 4 de enero de 2009 marcó un gol de chilena ante el RCD Espanyol. Austria e Irlanda del Norte fueron eliminados al perder ante Francia en la segunda ronda de la fase de grupos. Austria también venció a Rusia dos veces en casa y fuera con el marcador 1-0. Austria también registró un par de victorias sobre Moldavia (2-1 en Chișinău) y Montenegro (1-0 en Viena). Esto permitió que una vez asentado el panorama, en torno a finales de los años 40, la FIFA pudiese retomar el Campeonato Mundial.
En 2020 vuelve a acceder a la final del campeonato en el Estadio Centenario, pero es derrotado en el alargue 2:1 por Uruguay Montevideo. El pico de mayor violencia del clásico fue el 15 de febrero de 2007 donde ambas parcialidades se enfrentaron en las inmediaciones del estadio de El Porvenir que dejó la secuela de 50 heridos, los medios nacionales reflejaron la gravedad de los hechos y lo denominaron «La batalla de Gerli». La derrota ante el equipo tolimense desató una protesta de la hinchada a las afueras del estadio Atanasio Girardot pidiendo la salida del entrenador español por los malos resultados en el torneo y la Copa; mientras que en la rueda de prensa, después del partido contra Tolima, los dirigentes, jugadores y personal de Atlético Nacional hicieron presencia y respaldaron el proceso de Lillo; Sin embargo, el 5 de diciembre, dos días después de la eliminación del club en la liga, el español renunció al cargo.
En mayo de 2018 se hizo cargo del AEK Larnaca, gracias a la presencia de un excompañero como Ander Murillo, replicas camisetas futbol firmando un contrato de dos temporadas. Desde la creación de la cadena, ha contado como identificador (inicio y cierre de emisiones), con una animación (con música de Shirō Fukai) que muestra a tres aves en un corral y que después la del medio empieza a mover sus alas hasta que se muestra la identificación del canal. La UEFA destacó en una nota de prensa la condición de matagigantes del club rojillo. Durante su estancia en el club guipuzcoano, fue compañero de jugadores como Aritz Aduriz, Xabi Alonso o Mikel Arteta. Durante su periplo americano actuó como centrocampista defensivo, formando un centro del campo de gran nivel junto a Andrea Pirlo y Frank Lampard. No obstante, Colombia tuvo que esperar hasta fines de la década de 1980 para llegar a un plano destacado a nivel internacional, cuando llegaron el entrenador Francisco Maturana y una generación de jugadores como Carlos Valderrama (elegido el mejor jugador sudamericano en 1987 y 1993), René Higuita, Freddy Rincón, Leonel Álvarez, Arnoldo Iguarán, Albeiro Usuriaga, Faustino Asprilla, Adolfo Valencia, entre otros. Una de sus mejores temporadas fue la campaña 2011-2012, donde formó, junto a Markel Susaeta, una banda derecha de gran nivel y que permitió al Athletic llegar a las finales de Liga Europa y Copa del Rey.