Al obtener el Torneo Apertura la dirigencia entendió que la posibilidad de lograr el Campeonato Uruguayo era grande, decidiéndose entonces, hacer un esfuerzo económico a fin de intentar conseguir el tricampeonato uruguayo. Cuatro años después, repite un vicecampeonato, esta vez en el «Torneo República», campeonato de carácter nacional, ya que intervinieron en él selecciones del interior del país. En el año 2004 obtuvo nuevamente el Clausura 2004, derrotando esta vez a Nacional en las finales y consagrándose Campeón Uruguayo. En el caso del escudo, en la parte superior hay una banda blanca en la que aparece la inscripción «D.F.C.» (Danubio Fútbol Club) en negro, mientras que en la bandera las iniciales del club aparecen en la misma franja negra que la conforma, en color blanco. En el primer uniforme, se omitieron detalles en rojo (color reservado para el segundo uniforme) y el blanco tomó protagonismo, aunque lo más destacado fue una secuencia de franjas azules que atravesaban la camiseta en su totalidad (con una mucho más gruesa en la zona superior que abarcaba el escudo).
Además, en ocasiones especiales (en función del uniforme del rival), Colombia cambia sus pantalones azules por unos blancos (se hace notable especialmente en las visitas a Paraguay). Las selecciones autonómicas son los combinados representativos de las distintas federaciones territoriales y sus comunidades autónomas. Estos encuentros son conocidos como El Clásico de los Medianos, en alusión a la superioridad histórica que tanto Defensor como Danubio poseen sobre los restantes equipos de Uruguay (a los que se les denomina «chicos»), pero a la inferioridad que presentan al lado de los logros deportivos de Nacional y Peñarol (llamados «grandes»). En fase de grupos a Peñarol por 4 a 1 en el Estadio Centenario, y luego en segunda fase dejando eliminado al en ese momento último campeón, el Club Nacional de Football, empatando el primer partido a cero para luego vencerlo también en el Centenario por 3 a 1. Luego derrotaría al Club de Deportes Cobreloa por 2 a 0 en Chile, y luego 2 a 1 en el Centenario. El torneo se peleó fundamentalmente con Peñarol y casualmente debieron enfrentarse en la última fecha, los aurinegros llegaban al compromiso con 2 puntos de ventaja, por lo cual con solo empatar obtenían el título.
James Rodríguez fue elegido el mejor jugador del torneo. Sin posibilidad de indumentaria adecuada, cada jugador se procuró una camisa blanca, a la cual Doña María Mincheff de Lazaroff le cosió un detalle negro a la altura del corazón. Cuando el equipo fue bautizado como Tigre, la primera camiseta, surgió gracias al aporte de cada jugador de una camisa blanca, camiseta borussia monchengladbach a la cual doña María (madre de los Lazaroff) le cosió un detalle negro a la altura del corazón. Decidieron que había que conseguir camisetas y bautizar nuevamente al equipo: para financiar las camisetas realizaron una rifa y los colores fueron a proposición de Alcides Olivera, quien adquirió 10 números de aquella rifa con la única condición que las casacas fueran a rayas verticales blancas y negras, tal como la camiseta del Montevideo Wanderers, el campeón uruguayo de 1931. Mientras que el nombre fue finalmente sugerido por la madre de los Lazaroff, de origen búlgaro, quien quiso homenajear al río que baña su patria natal. También a nivel continental se destacan las competiciones secundarias de América del Sur y Europa: la Copa Sudamericana y la Europa League (ex Copa UEFA), respectivamente.
Tal vez, sin alcanzar el nivel de fútbol conseguido en el Apertura, Danubio igualmente continuó a paso firme liderando casi siempre el torneo Clausura. En el año 2013, Danubio disputaría el torneo Apertura, coronándose campeón del mismo luego de arrebatarle el primer puesto a Nacional que hasta la última fecha iba primero. Wanderers venía haciendo una campaña espectacular coronándose campeón del Clausura y de la tabla Anual. La salida se suscitó en medio de polémicas que terminaron con una rescisión de mutuo acuerdo. Se presentaron dos camisetas que se usarán en los partidos de Eliminatorias contra Venezuela y contra Chile. En 1916, con motivo del Centenario de la Independencia de la República Argentina, el Ministerio de Relaciones Exteriores donó un trofeo y cursó invitaciones a las Federaciones de Brasil, Chile y Uruguay para disputar un Campeonato de «Football» como parte de los festejos. Se consagró campeón en las ligas Parque Rodó, Cordón, Barrio Olímpico, Reducto y Centenario. Esto significaría que Wanderers tuviera ventaja deportiva, disputándose así una semifinal en el Estadio Luis Franzini en la cual si Wanderers ganaba saldría campeón del uruguayo.
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